Investigar es otra de las tareas propias de la Fundación Juan Ciudad para conseguir los objetivos para la que fue creada. Por ello, trata de promover y coordinar desde los centros asistenciales estudios e investigaciones que se relacionan con el campo de las ciencias médicas, sociales y familiares para el mejor conocimiento de los problemas y necesidades que afectan a la población, especialmente a la que se halla en situaciones de enfermedad y pobreza, marginación o exclusión.

Asimismo, con ánimo de colaborar y complementar las tareas de investigación, custodia y difusión realizadas desde los Archivos de la Orden en Roma y Granada, desde 1996 se viene desarrollando un proyecto de investigación sobre fuentes y materiales de la Congregación Española de la Orden Hospitalaria de San Juan de Dios (1495-1934).

. Investigación clínica

. Investigación histórica